Deurbraak met genomiese inligting
’n Deurbraak waarvolgens DNS-ontledings vir onder meer die bepaling van vaderskap, genomiese inligting van eienskappe en genetiese defekte van ’n dier gemaak word, haal vir telers die rompslomp uit die stelsel.
Die vooruitgang in genomika en die bepaling van spesifieke eienskappe stel telersgenootskappe in staat om ’ n biobank vir die ras en telers op te bou. Die tradisionele manier waarop die Lewendehawe-registrerende Federasie (LRF) dienste lewer, was dat die genootskappe self hul lede se lidmaatskap, diereregistrasies en prestasiedata op ’n gemeenskaplike, geïntegreerde stelsel, naamlik die International Lifestock Registry2 (ILR2), plaas. Ál die besonderhede word dan deur die ILR2 op die internet geplaas.
Me. Izaan du Plooy, tegniese bestuurder van die LRF, werk die afgelope jaar saam met die Agricultural Business Research Institute (ABRI) in Australië aan die inwerkingstelling van ’n DNS- genomiese module. Dit kan genootskappe in staat stel om die module met registrasieen prestasietoetsstelsels te integreer.
Wat beteken dit vir die boer en hoe werk die stelsel? Du Plooy sê die boer stuur twee haar- of weefselmonsters en ’n versoek aan sy telersgenootskap, wat die een monster bewaar, om ’n DNSontleding daarop te doen. Die genootskap se rekenaarstelsel rig die versoek outomaties aan ’ n betrokke laboratorium van sy keuse, en die kantoor stuur die ander haar- of weefselmonster of ’n haarkaart aan die laboratorium.
Die stelsel open outomaties ’n lêer met die dier se korrekte identifikasieen ander besonderhede, asook byvoorbeeld die vaar se DNS-identifikasienommer wat die laboratorium voorheen aan hom toegewys het.
Wanneer die resultaat van die laboratorium terugkom, word die DNS-ontledingsresultate outomaties gelaai en deur die genootskap aan die boer verskaf.
Die nuwe stelsel verseker:
■ Die inligting is versoenbaar met die historiese inligting wat reeds op die stelsel gelaai is.
■ Die DNS-resultate word elektronies saam met al die nodige inligting aan die laboratorium versend.
■ Die resultate van die laboratorium word vanuit die stelsel outomaties na die boer versend met alle nodige inligting.
■ Die haar- of weefselmonsters is behoorlik gekatalogiseer en kan hergebruik word.
■ Die genomiese inligting word gelaai om saam met die stamboom en prestasiedata ontleed te word.
Du Plooy sê die gebruik van die haarkaart in die nuwe stelsel verminder ook die risiko van besmetting. Die boer plak self die haarmonster op die haarkaart.
Wanneer hy die oorplaatjie aansit waarop die dier se identifikasienommer verskyn, kry hy terselfdertyd ’n weefselmonster wat deur die oortangetjie in ’n weefselbuisie geplaas word.
Die weefselbuisie bevat ’n buffervloeistof wat die laboratorium in staat stel om die weefsel herhaaldelik vir ontledings te gebruik.
Nog ’n voordeel van die weefsel is dat die laboratoriumstelsels só opgestel is dat dit ál 96 buisies met weefsels in die houer wat daarvoor aan ’n telersgenootskap verskaf word, tegelykertyd kan verwerk. Dit haal die menslike komponent feitlik heeltemal uit die proses, wat die uitslae betroubaarder maak.
VADERSKAPTOETSE
Dr. Michael Bradfield, hoof van die LRF, sê die huidige manier om vaderskap in Suid-Afrika te toets, is om mikrosatelliete te gebruik waarvolgens tot 19 merkers gewoonlik gebruik word om ’n bees se vaderskap te bepaal.
“Net soos ons van bloedmonsters na mikrosatelliete gevorder het, is daar nou ’n nuwe manier om vaderskap te bepaal met behulp van die SNP-stelsel (enkelnukleotied-polimorfismes). Dit gebruik ’n ander metode met meer as 200 merkers om vaderskap te bevestig.
“Terselfdertyd word ook produksieeienskappe in die genomiese ontleding gebruik. Daarby wys die SNP genetiese defekte aan die telers uit.”
Die meer as 200 merkers is dus gewoonlik deel van ’n groter profiel van gewoonlik 50 000 merkers of selfs 100 000 merkers.
Die voordele van ’n genomiese evaluasie is dat dit veral die akkuraatheid van jong diere se prestasietoetsinligting verhoog. t
NAVRAE: Me. Izaan du Plooy, e-pos: izaan@lrf.co.za